Trong 1802, Vua Gia Long lên ngôi, lập nên triều Nguyễn, với Phú Xuân là thủ đô, Thăng Long vẫn là trung tâm chính của miền Bắc Việt Nam với 11 trần (tương đương cấp tỉnh).
Trong 1831, Hoàng đế Minh Mạng tổ chức lại cơ chế hành chính, bãi bỏ tran và chia đất nước thành 29 tỉnh. Hà Nội là một tỉnh có thành Thăng Long cũ là thị trấn chính.
So với thời kỳ trước, Kinh tế Hà Nội nửa đầu thế kỷ 19 phát triển kém ổn định. Các phường, ấp ở phía Tây và phía Nam có xu hướng chuyên môn hóa sản xuất nông nghiệp và tiểu thủ công nghiệp là nghề phụ. Quá trình đô thị hóa của Hà Nội tập trung ở khu vực phía Đông và Đông Nam, nơi có đường phố chằng chịt và những ngôi nhà san sát nhau.. Dinh chúa Trình bị phá bỏ vào năm 1787 của vua Lê Chiêu Thống và khu vực xung quanh Hồ Phục Kiếm nhanh chóng trở thành khu dân cư có sự bùng nổ về buôn bán, thủ công mỹ nghệ.
Những thay đổi cũng diễn ra trên lĩnh vực văn hóa. Đại học Quốc gia (Quoc Tu Giam) được chuyển về Huế và Văn Miếu (Văn Miếu) được đặt dưới sự quản lý của chính quyền Hà Nội. Sân thi sơ bộ (Truong Thi Huong) lúc đó tọa lạc ở phố Tràng Thi ngày nay. Phường Nhái thế nào, sau này trở thành phố Hàng Giấy, là trung tâm của các hoạt động giải trí. Một số cổng vào Hà Nội được xây dựng lại, including the Quan Chuong gate (1817).
Đặc biệt, một số cá nhân đã quyên góp tiền để xây dựng các công trình tôn giáo, như khuôn viên đền Ngọc Sơn (by Nguyen Van Sieu) và chùa Báo Ân 108 gian cạnh Hồ Phục Kiếm.