Ngay sau khi Pháp xâm chiếm ba tỉnh miền Đông Nam Bộ, mọi người tham gia vào 1864 kỳ thi công chức sơ bộ từ chối tham dự sự kiện. Họ vào Văn Miếu hàng loạt, và tổ chức buổi lễ long trọng. Sau đó, họ diễu hành gần Hồ Thanh Kiếm Phục Hồi, bày tỏ mong muốn được đăng ký vào quân đội và được đưa vào Nam đánh giặc ngoại xâm..
Ở cuối của 1872, khi doanh nhân người Pháp J. Dupuis đến Hà Nội gây náo loạn, anh ấy gặp phải sự thù địch lớn từ người dân.
Đầu tháng 11 1873, Francis Garnier dẫn quân vào Hà Nội, và 15 ngày sau, vào ngày 20 tháng 11 1873, anh ta bắt đầu cuộc tấn công của mình. Vì triều đình Huế có khuynh hướng không đánh Pháp, nó đã không thực hiện các biện pháp phòng thủ thích hợp. Kết quả là, Thành không thể sống sót sau các cuộc tấn công của Garnier bất chấp sự kháng cự quyết liệt của Thống đốc Nguyễn Tri Phương. Nhưng nhân dân đã tự phát đứng lên chống quân Pháp, phối hợp với Phong trào Cờ Đen bao vây họ. cuối cùng, Garnier bị giết ở Cầu Giấy vào ngày 21 tháng 12 1873.
Nhưng triều đình Huế vẫn kiên trì tiến hành đàm phán hòa bình thay vì tiến hành kháng chiến quân sự., và đạt được một thỏa hiệp với Pháp, theo đó Pháp trả lại Thành cổ trống rỗng để đổi lấy Cantonment Hải quân (khu vực hiện nay là Bảo tàng Lịch sử và Bệnh viện Hữu nghị Nga-Việt) như đất nhượng quyền.
Đầu tháng 3 năm 1882, Henri Rivière tới Hà Nội. Ông gửi tối hậu thư cho Toàn quyền Hoàng Diệu, yêu cầu người sau phải đầu hàng. Nhưng Hoàng Diệu đáp trả bằng sự kháng cự quyết liệt và tự sát sau đó khi Kinh thành rơi vào tay giặc.. Người dân Hà Nội liên tục cầm vũ khí và, một lần nữa hợp tác với Black Flag, phiến quân giết Henri Rivière ở Cầu Giấy (19tháng 5 1883). Theo các điều kiện, nếu quân tiếp viện đã được triều đình Huế gửi đến Hà Nội, toàn bộ quân Pháp còn lại có thể đã bị tiêu diệt và Hà Nội được giải phóng hoàn toàn. Nhưng vua Tự Đức đã quyết tâm lấy lại Hà Nội thông qua thỏa hiệp. Cuối cùng, Pháp áp đặt lên Việt Nam Hiệp ước 1884, theo đó Pháp thiết lập cái gọi là xứ bảo hộ trên toàn bộ Việt Nam. Hà Nội là một phần của sự bảo hộ đó, thuộc Bắc Kỳ.
Người dân Hà Nội và cả nước không chịu đầu hàng. Nhiều tổ chức yêu nước nhanh chóng được thành lập ở Hà Nội, nổi bật nhất trong số đó là Đông Kinh nghĩa thực do một nhóm học giả Nho giáo thành lập vào tháng 2. 1907. Chính sách của Đông Kinh nghĩa thực là chống lại sự thống trị của Pháp bằng cách thúc đẩy phát triển văn hóa và giáo dục, mở đường cho sự tự giải phóng chính trị sau này.. Tiến hành các hoạt động của mình dưới hình thức phong trào văn hóa thông qua việc thành lập một trường tư thục, Đông Kinh nghĩa thực nhận được sự hưởng ứng nhiệt tình và ủng hộ lớn từ người dân Hà Nội và các tỉnh thành. Phong trào ngày càng lan rộng, và nhiều trường học khác thuộc loại này được thành lập. Nhà cầm quyền thực dân Pháp rất lo sợ ảnh hưởng chính trị lan rộng của Đông Kinh nghĩa thực. Họ đóng cửa trường học và bắt giữ giáo viên vào tháng 12 1907, và cấm tất cả các tài liệu được xuất bản và lưu hành bởi tổ chức này.
Tiếp theo đó là vụ “đầu độc Hà Nội” năm 1908. Theo kế hoạch của nghĩa quân đã vạch ra, một đầu bếp đã đầu độc thức ăn chuẩn bị cho quân đội và sĩ quan Pháp. một khi quân đội lấy thức ăn, nhiều phát súng được bắn ra để ra hiệu cho nghĩa quân đóng ở ngoài Hà Nội hành động. không may, âm mưu bị phát hiện và nhiều người tham gia bị bắt và hành quyết.
Năm 1925 chứng kiến một sự kiện chính trị gây chấn động chính trị khắp cả nước và khuyến khích các phong trào khác hành động. Đó là sự phản đối chính trị gay gắt đối với việc Pháp cố gắng đưa nhà yêu nước Phan Bội Châu ra xét xử. Làn sóng phản đối phẫn nộ này buộc Toàn quyền Varenne phải trả tự do cho Phan Bội Châu. Điều này đã được theo sau trong 1926 bởi một phong trào chính trị khác dưới hình thức lễ tưởng niệm nhà yêu nước Phan Chu Trinh tại chùa Đồng Nhân vào ngày 4 tháng 4. Thực dân Pháp đưa quân vào chùa uy hiếp, hăm dọa những người đến dự lễ. Người dân Hà Nội tập trung đông đúc trước cổng chùa, giữ trật tự để buổi lễ được diễn ra trong hòa bình. Chính quyền Pháp không tìm được lý do để giải tán đám đông. Cuộc kháng chiến của người dân Hà Nội ngày càng lớn mạnh và đưa phong trào cách mạng lên một tầm cao mới với sự ra đời của Đảng Cộng sản Đông Dương.