Après deux siècles de domination, la dynastie des Ly est entré en déclin et a été succédé par la dynastie des Tran qui a rétabli l'ordre politique et social. La civilisation Dai Viet a continué à se développer. Les rois Tran ont développé davantage l'enceinte royale et construit davantage de palais.. La Capitale Royale est restée dans ses anciennes limites, mais la population a augmenté. En 1230, les unités administratives ont été réorganisées en 61 guildes. De nombreux commerçants et visiteurs étrangers sont venus dans la capitale. En 1274, passagers de 30 Les bateaux chinois ont demandé l'autorisation et ont été autorisés à s'installer dans la guilde de Nhai Tuan. (présenter les rues Hoe Nhai et Hang Than) où ils ont installé un certain nombre de magasins et de marchés. Des commerçants ouïguriens et javanais et des moines indiens sont également arrivés..
L'économie commerciale et industrielle urbaine a donné naissance à une couche de citadins et à leur mode de vie unique.. Selon un compte, Roi Tran Anh Tong (1293-1314) « faisait parfois furtivement le tour de la capitale la nuit sur un palanquin, avec une escorte d'une dizaine de gardes ». Dans cette période, les affaires de la capitale royale étaient prises en charge par le département de Binh Bac. En 1265, ce département s'appelait Kinh Su An Phu Su et en 1311 il a été rebaptisé Trung Do Doan.
Sous la dynastie Tran, Thang Long a dû combattre les envahisseurs étrangers. Dans 30 ans (1258-1288), Les troupes yuan-mongoles ont envahi à trois reprises le Vietnam et la capitale. Mais toutes leurs tentatives étaient vouées à l'échec.
La première fois que les envahisseurs sont venus (1258), ils n'ont trouvé qu'une citadelle "vide". Tous les citoyens avaient quitté leurs maisons. Onze jours après leur arrivée, les troupes du roi Trần lancent une contre-attaque oppressive. Dans le Dong Bo Dau (présente la pente Hang Than) bataille du 29 janvier 1259, les envahisseurs ont été écrasés. La deuxième fois, ils sont venus (Février 1258), ils ont retrouvé une capitale « vide » dans laquelle ils sont restés trois mois. Après les combats de Ham Tu, Guildes Chuong Duong et Giang Khau (présenter les rues Hang Buom et Nguyen Sieu), les envahisseurs ont été pratiquement vaincus. La troisième invasion a eu lieu en février 1288. Après 32 jours d'occupation de Thang Long, les troupes ennemies durent se replier sur Van Kiep puis se retirèrent dans leur pays. Mais la plupart d’entre eux ont laissé leurs corps dans la rivière Bach Dang..